คณะสังคมศาสตร์ เป็นคณะที่มีประวัติความเป็นมาอันยาวนานเมื่อเปรียบเทียบกับคณะอื่นๆ ของมหาวิทยาลัยนเรศวร โดยเริ่มตั้งแต่เมื่อวันที่ 28 มิถุนายน 2517 ซึ่งเป็นวันที่วิทยาลัยวิชาการศึกษาได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒวิทยาเขตพิษณุโลกและได้เปิดบริการการเรียนการสอนในคณะศึกษาศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ คณะพลศึกษา คณะมนุษยศาสตร์ คณะสังคมศาสตร์และบัณฑิตวิทยาลัย
ในปีพ.ศ.2533 เมื่อมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒวิทยาเขตพิษณุโลกได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยเอกเทศและได้รับพระราชทานนามว่า “มหาวิทยาลัยนเรศวร” คณะสังคมศาสตร์และคณะมนุษยศาสตร์จึงได้รวมกันและได้รับการจัดตั้งให้เป็นคณะใหม่ในนาม “คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์”
ระยะเวลาต่อมาเมื่อมหาวิทยาลัยตระหนักว่าโครงสร้างของคณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์มีขนาดใหญ่เกินไปทำให้การบริหารเป็นไปอย่างล่าช้าขาดความคล่องตัวจึงเห็นสมควรให้จัดโครงสร้างคณะใหม่เพื่อให้มีขนาดกะทัดรัดและมีความคล่องตัวสูงโดยจัดสาขาวิชาซึ่งมีธรรมชาติที่คล้ายคลึงกันให้อยู่ในกลุ่มเดียวกัน คณะสังคมศาสตร์จึงได้รับการจัดตั้งเป็นคณะใหม่อีกครั้งและได้ดำเนินการนับแต่ปีงบประมาณ พ.ศ.2547 (1 ตุลาคม 2546) เป็นต้นมา โดยสภามหาวิทยาลัยนเรศวรได้เห็นชอบให้แบ่งโครงสร้างการบริหารจัดการภายในออกเป็น 4 สาขาวิชาคือ สาขาวิชาจิตวิทยา สาขาวิชาประวัติศาสตร์ สาขาวิชาพัฒนาสังคม และสาขาวิชารัฐศาสตร์และรัฐประศาสนศาสตร์
     ในปีงบประมาณ พ.ศ.2553 (วันที่ 16 มกราคม 2553) สภามหาวิทยาลัยจึงได้มีมติให้จัดตั้งภาควิชาและให้แบ่งส่วนงานภายในออกเป็น 5 หน่วยงานคือ สำนักงานเลขานุการคณะสังคมศาสตร์ ภาควิชาจิตวิทยา ภาควิชาประวัติศาสตร์ ภาควิชาสังคมวิทยาและมานุษยวิทยา และภาควิชารัฐศาสตร์และรัฐประศาสนศาสตร์
ปี พ.ศ.2557 คณะสังคมศาสตร์ได้รับการประเมินให้เป็นคณะวิชาที่ผู้ใช้บัณฑิตระดับปริญญาตรีที่สำเร็จการศึกษาปีการศึกษา 2555 มีระดับความพึงพอใจในด้านคุณภาพของบัณฑิตและการพัฒนาบัณฑิตตามอัตลักษณ์อยู่ในระดับมากถึงมากที่สุด และมีคะแนนเฉลี่ยสูงที่สุดเมื่อเปรียบเทียบกับทุกคณะวิชาในมหาวิทยาลัยนเรศวรโดยตามตัวบ่งชี้เรื่อง “คุณภาพของบัณฑิตระดับปริญญาตรี” ได้คะแนนสูงสุดใน 3 มิติ คือ ด้านคุณธรรมจริยธรรม ด้านทักษะทางปัญญาและด้านทักษะความสัมพันธ์ระหว่างบุคคลและความรับผิดชอบและตัวบ่งชี้เรื่อง “ผลการพัฒนาบัณฑิตตามอัตลักษณ์” ได้คะแนนสูงสุดใน 4 มิติ คือ ด้านเก่งคน ด้านเก่งคิด ด้านเก่งครองชีวิต ด้านเก่งพิชิตปัญหา และในปีงบประมาณ พ.ศ.2559 คณะสังคมศาสตร์ ได้ย้ายที่ทำงานมาตั้งที่อาคารอุตสาหกรรมบริการ
ต่อมาในปีงบประมาณ พ.ศ.2561 สภามหาวิทยาลัยมีมติให้ควบรวมคณะสังคมศาสตร์และวิทยาลัยประชาคมอาเซียนศึกษาและให้มีการปรับโครงสร้างแบ่งส่วนงานภายในออกเป็น 7 หน่วยงาน คือ สำนักงานเลขานุการคณะสังคมศาสตร์ ภาควิชาจิตวิทยา ภาควิชาประวัติศาสตร์ ภาควิชาสังคมวิทยาและมานุษยวิทยา ภาควิชารัฐศาสตร์และรัฐประศาสนศาสตร์ สถานประชาคมอาเซียนศึกษา และศูนย์ความเป็นเลิศทางวิชาการด้านประชาคมอาเซียนศึก